Что такое калькулятор молекулярной массы белка?
Этот инструмент даёт быструю предварительную оценку молекулярной массы (ММ) белка, опираясь только на его длину — число аминокислотных остатков в цепи. Поскольку у 20 распространённых аминокислот средняя масса остатка составляет около 110 дальтон (Да), молекулярную массу можно прикинуть, умножив число остатков на это среднее значение. Результат выводится сразу в двух единицах: дальтонах и килодальтонах (кДа).
Как пользоваться калькулятором
Введите число аминокислот в вашем белке (длину последовательности). Оставьте среднюю массу остатка равной 110 Да для стандартной оценки или измените её, если вам известно более точное среднее значение для конкретного белка. Нажмите «Рассчитать», чтобы увидеть оценочную молекулярную массу.
Разбираем формулу
Расчёт предельно прост:
$$\text{MW} = N \times \bar{m}_{\text{residue}}$$где \(N\) — число остатков, а \(\bar{m}\) — средняя масса одного остатка. Общепринятое практическое правило: \(\bar{m} \approx 110\ \text{Da}\). Это значение уже учитывает молекулу воды, которая отщепляется при образовании каждой пептидной связи, поэтому ничего дополнительно вычитать не нужно. Чтобы перевести значение из дальтон в кДа, достаточно разделить его на 1000 — именно килодальтоны чаще всего используют в биохимии.
$$\text{kDa} = \frac{\text{MW}_{\text{Da}}}{1000}$$
Пример расчёта
Возьмём белок из 300 аминокислот. При средней массе остатка 110 Да получаем:
$$\text{MW} = 300 \times 110 = 33\,000\ \text{Da}$$или 33 кДа. Это типичный диапазон для глобулярного белка среднего размера.
Частые вопросы
Насколько точна оценка по 110 Да? Обычно она отличается от истинной массы всего на несколько процентов. Для точного значения нужно сложить реальные массы всех остатков по последовательности и прибавить одну молекулу воды (~18 Да).
Что такое дальтон? Дальтон (Да) — это унифицированная атомная единица массы, равная 1/12 массы атома углерода-12, то есть фактически масса одного атома водорода.
Почему используют килодальтоны? Белки — крупные молекулы, поэтому их массу для удобства принято указывать в кДа (1 кДа = 1000 Да), например: «белок массой 50 кДа».
