什麼是蛋白質分子量計算器?
這個工具只需要知道蛋白質的「長度」——也就是胺基酸殘基(residue)的數目,就能快速做出分子量(MW)的初步估算。由於 20 種常見胺基酸的殘基質量平均下來約為 110 道爾頓(Da),因此只要把殘基數乘上這個平均值,就能概略推算分子量。計算結果會同時以道爾頓(Da)與千道爾頓(kDa)兩種單位呈現。
使用方法
先輸入蛋白質的胺基酸數目(即序列長度)。若要做標準估算,平均殘基質量保留預設的 110 Da 即可;若你已知該蛋白質有更精確的平均值,也可以自行調整。接著按下計算,就能看到估算的分子量。
公式說明
計算其實非常單純:
$$\text{MW} = N \times \bar{m}_{\text{residue}}$$其中 \(N\) 是殘基數,\(\bar{m}\) 是平均殘基質量。最常用的經驗法則是 \(\bar{m} \approx 110\ \text{Da}\)。這個數值已經把每形成一個胜肽鍵時失去的一個水分子計算在內,因此不需要再額外扣除任何質量。將道爾頓數值除以 1000,就能換算成 kDa——這也是生物化學中最常用來標示蛋白質質量的單位。
$$\text{kDa} = \frac{\text{MW}_{\text{Da}}}{1000}$$
範例試算
假設有一個含 300 個胺基酸的蛋白質。以平均殘基質量 110 Da 計算:
$$\text{MW} = 300 \times 110 = 33{,}000\ \text{Da}$$即 33 kDa。這正好落在中等大小球狀蛋白質的典型範圍內。
常見問題
110 Da 這個近似值準確嗎?通常與真實質量的誤差在數個百分點以內。若需要精確數值,請逐一加總序列中各殘基的實際質量,再加上一個水分子(約 18 Da)。
什麼是道爾頓(Dalton)?道爾頓(Da)就是統一原子質量單位,相當於碳-12 原子質量的 1/12,基本上等於一個氫原子的質量。
為什麼要用千道爾頓?蛋白質的分子相當龐大,因此質量習慣以 kDa 標示(1 kDa = 1000 Da)較為方便,例如常聽到的「一個 50 kDa 的蛋白質」。