Công cụ tính khối lượng phân tử protein là gì?
Công cụ này cho bạn một ước tính nhanh, ở mức cơ bản về khối lượng phân tử (MW) của protein, chỉ dựa trên chiều dài chuỗi — tức số gốc axit amin trong phân tử. Vì 20 axit amin phổ biến có khối lượng gốc trung bình vào khoảng 110 Dalton (Da), bạn có thể ước lượng MW bằng cách nhân số gốc với giá trị trung bình này. Kết quả được hiển thị đồng thời theo cả Dalton và kilodalton (kDa).
Cách sử dụng
Nhập số lượng axit amin trong protein của bạn (chiều dài chuỗi). Hãy giữ nguyên khối lượng gốc trung bình ở mức mặc định 110 Da để có ước tính tiêu chuẩn, hoặc thay đổi giá trị này nếu bạn biết con số trung bình cụ thể hơn cho protein của mình. Nhấn tính toán để xem khối lượng phân tử ước tính.
Giải thích công thức
Phép tính đơn giản là $$\text{MW} = N \times \bar{m}_{\text{residue}}$$ trong đó \(N\) là số gốc và \(\bar{m}\) là khối lượng gốc trung bình. Quy tắc kinh nghiệm được dùng phổ biến là \(\bar{m} \approx 110\ \text{Da}\). Giá trị này đã tính đến phân tử nước bị mất đi trong mỗi lần hình thành liên kết peptide, nên bạn không cần trừ thêm gì cả. Chia giá trị tính theo Dalton cho 1000 để chuyển sang kDa — đơn vị thường được dùng nhất trong hóa sinh: $$\text{kDa} = \frac{\text{MW}_{\text{Da}}}{1000}$$
Ví dụ minh họa
Giả sử có một protein gồm 300 axit amin. Dùng khối lượng gốc trung bình 110 Da: $$\text{MW} = 300 \times 110 = 33{,}000\ \text{Da}$$ tức 33 kDa. Con số này nằm trong khoảng điển hình của một protein hình cầu cỡ trung bình.
Câu hỏi thường gặp
Phép xấp xỉ 110 Da chính xác đến mức nào? Thông thường nó chỉ chênh lệch vài phần trăm so với khối lượng thực tế. Để có giá trị chính xác, hãy cộng khối lượng thực của từng gốc trong chuỗi và thêm vào một phân tử nước (~18 Da).
Dalton là gì? Dalton (Da) là đơn vị khối lượng nguyên tử thống nhất, bằng 1/12 khối lượng của một nguyên tử carbon-12 — về cơ bản tương đương khối lượng của một nguyên tử hydro.
Vì sao lại dùng kilodalton? Protein là những phân tử lớn, nên khối lượng của chúng thường được biểu thị bằng kDa (1 kDa = 1000 Da) cho tiện, ví dụ "một protein 50 kDa".
