Что такое калькулятор перевода OD600 в плотность клеток?
Оптическая плотность при 600 нм (OD600) — это быстрый и неразрушающий способ оценить, сколько клеток содержится в жидкой культуре. Поскольку спектрофотометр измеряет рассеяние света, а не считает клетки напрямую, значение OD600 пересчитывают в плотность клеток (число клеток на мл) с помощью эмпирически подобранного коэффициента пересчёта. Калькулятор умножает ваше значение OD600 на этот коэффициент и, при желании, на объём культуры, чтобы получить общее число клеток.
Как пользоваться калькулятором
Введите измеренное значение OD600, коэффициент пересчёта, подходящий для вашего организма и прибора, и (по желанию) объём культуры в мл. Широко известное эмпирическое правило для E. coli гласит, что OD600 = 1,0 соответствует примерно \(8\times10^{8}\) клеток/мл, поэтому по умолчанию задан коэффициент 800 000 000. Для разных видов, штаммов, фаз роста и спектрофотометров коэффициент будет отличаться, поэтому для точных расчётов калибруйте его по высеву на чашки или с помощью счётчика клеток.
Разбор формулы
В основе лежит соотношение $$\text{клеток/мл} = \text{OD600} \times f$$ где f — коэффициент пересчёта (число клеток на мл на единицу OD). Общее число клеток: $$\text{Всего клеток} = \text{клеток/мл} \times \text{объём (мл)}$$ Зависимость остаётся приблизительно линейной только при низких значениях OD (обычно ниже ~0,8); при более высокой плотности разведите образец, а затем умножьте результат на коэффициент разведения, чтобы остаться в линейном диапазоне.
Пример расчёта
Допустим, для культуры E. coli вы получили OD600 = 0,5 при коэффициенте \(f = 8\times10^{8}\) клеток/мл. Тогда плотность клеток: $$0{,}5 \times 800\,000\,000 = 400\,000\,000 \text{ клеток/мл } (4\times10^{8})$$ Для культуры объёмом 10 мл общее число клеток: $$400\,000\,000 \times 10 = 4\,000\,000\,000 \text{ клеток } (4\times10^{9})$$
Частые вопросы
Почему коэффициент пересчёта для моего штамма отличается? Размер и форма клеток, их склонность к слипанию и оптика прибора влияют на рассеяние света, поэтому каждой лаборатории стоит калибровать собственный коэффициент.
Подходит ли это для дрожжей или клеток млекопитающих? Да, но используйте коэффициент, откалиброванный именно для этих клеток — у дрожжей он в пересчёте на единицу OD намного выше, чем у бактерий.
Моё значение OD600 больше 1 — будет ли результат точным? Скорее всего, нет. Разведите образец так, чтобы попасть в линейный диапазон (часто OD < 0,8), и умножьте результат на коэффициент разведения.
