Qu'est-ce que le calculateur OD600 vers densité cellulaire ?
La densité optique à 600 nm (DO600, ou OD600 en anglais) est une méthode rapide et non destructive pour estimer la quantité de cellules présentes dans une culture liquide. Comme un spectrophotomètre mesure la diffusion de la lumière plutôt que de compter directement les cellules, il faut convertir la valeur de DO600 en densité cellulaire (cellules par mL) à l'aide d'un facteur de conversion déterminé de façon empirique. Ce calculateur multiplie votre DO600 par ce facteur et, en option, par le volume de culture afin d'obtenir le nombre total de cellules.
Comment l'utiliser
Saisissez votre mesure de DO600, le facteur de conversion adapté à votre organisme et à votre appareil, et (en option) le volume de culture en mL. Une règle empirique très répandue pour E. coli indique qu'une DO600 = 1,0 correspond à environ \(8\times10^{8}\) cellules/mL : le facteur proposé par défaut est donc de 800 000 000. Comme ce facteur varie selon les espèces, les souches, les phases de croissance et les spectrophotomètres, calibrez-le avec un comptage sur boîte ou un compteur de cellules pour les travaux exigeant de la précision.
La formule expliquée
La relation de base est $$\text{Cellules/mL} = \text{DO600} \times f$$ où f désigne le facteur de conversion (cellules par mL pour une unité de DO). Le nombre total de cellules : $$\text{Total cellules} = \text{Cellules/mL} \times \text{Volume (mL)}$$ Cette relation n'est à peu près linéaire qu'aux faibles valeurs de DO (généralement en dessous d'environ 0,8) ; au-delà, diluez l'échantillon et appliquez le facteur de dilution inverse afin de rester dans la plage linéaire.
Exemple concret
Supposons que vous lisiez une DO600 = 0,5 pour une culture d'E. coli avec \(f = 8\times10^{8}\) cellules/mL. La densité cellulaire est alors de $$0{,}5 \times 800\,000\,000 = 400\,000\,000 \text{ cellules/mL} \ (4\times10^{8})$$ Pour une culture de 10 mL, le nombre total de cellules est de $$400\,000\,000 \times 10 = 4\,000\,000\,000 \text{ cellules} \ (4\times10^{9})$$
FAQ
Pourquoi le facteur de conversion diffère-t-il pour ma souche ? La taille des cellules, leur forme, leur tendance à s'agréger et l'optique de l'appareil influencent tous la diffusion de la lumière : chaque laboratoire doit donc calibrer son propre facteur.
Puis-je l'utiliser pour des levures ou des cellules de mammifères ? Oui, mais en employant un facteur calibré pour ces cellules : les facteurs des levures sont bien plus élevés par unité de DO que ceux des bactéries.
Ma DO600 dépasse 1 — le résultat est-il fiable ? Probablement pas. Diluez l'échantillon pour revenir dans la plage linéaire (souvent DO < 0,8), puis multipliez le résultat par le facteur de dilution.
