A260/A280比とは？
A260/A280比は、分光光度計を使って核酸の純度を手早く確認するための指標です。核酸は260 nmの紫外線を強く吸収し、一方タンパク質はトリプトファンやチロシンといった芳香族アミノ酸の働きにより280 nmで吸収を示します。260 nmの吸光度を280 nmの吸光度で割ることで得られる比は、DNAやRNAの抽出サンプルにどの程度タンパク質やその他の夾雑物が含まれているかを知る目安になります。
この計算ツールの使い方
NanoDropなどのUV分光光度計でサンプルを測定し、260 nmと280 nmの吸光度を記録します。上の入力欄にこの2つの値を入力すると、純度比がすぐに表示されます。正確な測定のために、ブランク補正を行い、適切に希釈したサンプルを使用してください。
計算式の解説
計算式はシンプルで、$$\text{比} = \dfrac{A_{260}}{A_{280}}$$ です。同じサンプルで測定した2つの吸光度の比であるため、光路長や濃度の影響はほぼ相殺されます。そのため、サンプルの濃度に左右されにくい、信頼性の高い品質指標となります。
結果の見方
一般に、DNAでは約1.8、RNAでは約2.0が「純粋」とされる目安です。これより大幅に低い値（たとえば1.7未満）は、280 nm付近で吸収を示すタンパク質やフェノールなどの夾雑物が混入している可能性を示します。逆に予想より高い値が出る場合は、DNAサンプルにRNAが混入していることが考えられます。
計算例
たとえばNanoDropで\(A_{260} = 1.8\)、\(A_{280} = 1.0\)と表示されたとします。この場合の比は $$\dfrac{1.8}{1.0} = 1.8$$ となり、タンパク質の混入がほとんどないきれいなゲノムDNAであることを示しています。
A260/A280 純度参照値
A260/A280 比は、260 nm での吸光度（核酸の吸収最大値）と 280 nm での吸光度（タンパク質中の芳香族アミノ酸の吸収最大値）を比較します。精製された DNA および RNA は特性的な比を持つため、この値はサンプルがどの程度きれいであるかの迅速な分光光度測定チェックです。相補的な A260/A230 比は異なるクラスの汚染物質（有機化合物およびカオトロピック塩）を検出するため、通常この 2 つは一緒に報告されます。
| サンプル / 条件 | 期待される A260/A280 | 期待される A260/A230 | 解釈 |
|---|---|---|---|
| 純粋な二本鎖 DNA（dsDNA） | ~1.8 | ~2.0–2.2 | きれいなゲノム/プラスミド DNA の受け入れ可能なターゲット |
| 純粋な RNA | ~2.0 | ~2.0–2.2 | きれいなトータル/メッセンジャー RNA の受け入れ可能なターゲット |
| 純粋な一本鎖 DNA（ssDNA）/オリゴヌクレオチド | ~1.9 | ~2.0–2.2 | 塩基組成に応じて dsDNA と RNA の間に位置する |
| A260/A280 が ~1.7 未満 | < 1.7 | — | タンパク質、フェノール、または他の 280 nm 吸収物質が存在する可能性がある |
| A260/A280 が ~2.0 を超える（DNA の場合） | > 2.0 | — | RNA の混入の可能性、分解されたヌクレオチド、またはアルカリ性 pH |
| 低い A260/A230（例 < 1.8） | — | < 1.8 | グアニジン塩、フェノール、EDTA、または炭水化物汚染 |
一般的な汚染物質とその影響
- タンパク質 — 280 nm（トリプトファン、チロシン、フェニルアラニン）で強く吸収し、A260/A280 比を 1.8 未満に低下させる。
- フェノール — フェノール・クロロホルム抽出の残留物。270–280 nm 付近および 230 nm でも吸収し、両方の比を低下させて見かけの収量を増加させる。
- グアニジン/カオトロピック塩および EDTA — 230 nm 付近で吸収し、主に A260/A230 比を低下させながら A260/A280 をより正常に保つ。
- DNA 調製中の RNA — RNA がこの比で DNA より高く読み取られるため、A260/A280 比を上向きに押す（2.0 に向かって）。
計算例：分光光度計が A260 = 0.452 および A280 = 0.251 を報告する場合。純度比は1.80であり、きれいな二本鎖 DNA を示します。測定値が pH ~7.5–8.5 で適切なバッファーブランクで取得される場合にのみ比は意味があることに注意してください。酸性条件は最大 ~0.2–0.3 値を人為的に低下させる可能性があります。
よくある質問
純粋なDNAを示す比はいくつですか？ 1.8前後の値であれば、純粋な二本鎖DNAであることを示します。
RNAの場合はどうですか？ 純粋なRNAでは通常、約2.0の比を示します。
A260/A230比も確認すべきですか？ はい。A260/A230比（理想は2.0〜2.2）は、A260/A280比では見逃しがちなグアニジンやフェノールなどの有機系夾雑物を検出するのに役立ちます。
