A260/A280 ๋น์จ์ด๋?
A260/A280 ๋น์จ์ ๋ถ๊ด๊ด๋๊ณ๋ก ํต์ฐ ์๋๋ฅผ ๋น ๋ฅด๊ฒ ๊ฐ๋ ํ๋ ์งํ์ ๋๋ค. ํต์ฐ์ 260 nm ํ์ฅ์ ์์ธ์ ์ ๊ฐํ๊ฒ ํก์ํ๋ ๋ฐ๋ฉด, ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํธ๋ฆฝํ ํยทํฐ๋ก์ ๊ฐ์ ๋ฐฉํฅ์กฑ ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ๋๋ฌธ์ 280 nm์์ ํก๊ด์ ๋ณด์ ๋๋ค. 260 nm ํก๊ด๋๋ฅผ 280 nm ํก๊ด๋๋ก ๋๋๋ฉด, DNA๋ RNA ์๋ฃ์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ด๋ ๊ธฐํ ์ค์ผ๋ฌผ์ง์ด ์ผ๋ง๋ ์์ฌ ์๋์ง๋ฅผ ๋ํ๋ด๋ ๋น์จ์ ์ป์ ์ ์์ต๋๋ค.
๊ณ์ฐ๊ธฐ ์ฌ์ฉ ๋ฐฉ๋ฒ
NanoDrop ๊ฐ์ UV ๋ถ๊ด๊ด๋๊ณ๋ก ์๋ฃ๋ฅผ ์ธก์ ํ ๋ค 260 nm์ 280 nm์์์ ํก๊ด๋ ๊ฐ์ ํ์ธํ์ธ์. ๋ ๊ฐ์ ์ ์ ๋ ฅ๋์ ๋ฃ์ผ๋ฉด ๋น์จ์ด ์ฆ์ ๊ณ์ฐ๋ฉ๋๋ค. ์ ํํ ์ธก์ ์ ์ํด ๋ธ๋ญํฌ ๋ณด์ ์ ๊ฑฐ์น๊ณ ์ ์ ํ ํฌ์ํ ์๋ฃ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ๊ฒ์ด ์ข์ต๋๋ค.
๊ณ์ฐ ๊ณต์
๊ณ์ฐ์ ์์ฃผ ๊ฐ๋จํฉ๋๋ค.
$$\text{Ratio} = \dfrac{A_{260}}{A_{280}}$$๊ฐ์ ์๋ฃ์์ ์ธก์ ํ ๋ ํก๊ด๋์ ๋น์จ์ด๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๊ด๊ฒฝ๋ก ๊ธธ์ด์ ๋๋๊ฐ ๋๋ถ๋ถ ์์๋๋ฉฐ, ์๋ฃ ๋๋์ ๋ฌด๊ดํ๊ฒ ์์ ์ ์ธ ํ์ง ์งํ๋ก ํ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค.
๊ฒฐ๊ณผ ํด์ํ๊ธฐ
์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก DNA๋ ์ฝ 1.8, RNA๋ ์ฝ 2.0์ผ ๋ "์์"ํ ๊ฒ์ผ๋ก ๋ด ๋๋ค. ๋น์จ์ด ๋์ ๋๊ฒ ๋ฎ์ผ๋ฉด(์: 1.7 ๋ฏธ๋ง) 280 nm ๋ถ๊ทผ์์ ํก๊ดํ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง, ํ๋, ๊ธฐํ ์ค์ผ๋ฌผ์ง์ด ์กด์ฌํ ๊ฐ๋ฅ์ฑ์ด ์์ต๋๋ค. ๋ฐ๋๋ก ์์๋ณด๋ค ๋์ ๋น์จ์ DNA ์๋ฃ์ RNA๊ฐ ํผ์ ๋์์ ๋ ๋ํ๋ ์ ์์ต๋๋ค.
๊ณ์ฐ ์์
์๋ฅผ ๋ค์ด NanoDrop์์ \(A_{260} = 1.8\), \(A_{280} = 1.0\)์ผ๋ก ์ธก์ ๋์๋ค๊ณ ํฉ์๋ค. ๋น์จ์
$$\text{Ratio} = \dfrac{1.8}{1.0} = 1.8$$์ด๋ฉฐ, ์ด๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ผ์ด ๊ฑฐ์ ์๋ ๊นจ๋ํ ๊ฒ๋ DNA์์ ์๋ฏธํฉ๋๋ค.
A260/A280 ์๋ ์ฐธ๊ณ ๊ฐ
A260/A280 ๋น์จ์ 260 nm์์์ ํก๊ด๋(ํต์ฐ์ ํก์ ์ต๋๊ฐ)์ 280 nm์์์ ํก๊ด๋(๋จ๋ฐฑ์ง์ ๋ฐฉํฅ์กฑ ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ์ ํก์ ์ต๋๊ฐ)๋ฅผ ๋น๊ตํฉ๋๋ค. ์ ์ ๋ DNA์ RNA๋ ํน์ฑ์ ์ธ ๋น์จ์ ๊ฐ์ง๋ฏ๋ก, ์ด ๊ฐ์ ์ํ์ด ์ผ๋ง๋ ๊นจ๋ํ์ง ๋น ๋ฅด๊ฒ ๋ถ๊ด๊ด๋๊ณ๋ก ํ์ธํ ์ ์๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋๋ค. ์๋ณด์ ์ธ A260/A230 ๋น์จ์ ๋ค๋ฅธ ์ข ๋ฅ์ ์ค์ผ๋ฌผ์ง(์ ๊ธฐ ํํฉ๋ฌผ๊ณผ ์นด์คํธ๋กํฝ ์ผ)์ ๊ฒ์ถํ๋ฏ๋ก, ๋ ๊ฐ๋ ๋ณดํต ํจ๊ป ๋ณด๊ณ ๋ฉ๋๋ค.
| ์ํ / ์กฐ๊ฑด | ์์ A260/A280 | ์์ A260/A230 | ํด์ |
|---|---|---|---|
| ์์ ์ด์ค ๋์ DNA (dsDNA) | ~1.8 | ~2.0โ2.2 | ๊นจ๋ํ ๊ฒ๋/ํ๋ผ์ค๋ฏธ๋ DNA์ ํ์ฉ ๋ชฉํ๊ฐ |
| ์์ RNA | ~2.0 | ~2.0โ2.2 | ๊นจ๋ํ ์ ์ฒด/๋ฉ์ ์ RNA์ ํ์ฉ ๋ชฉํ๊ฐ |
| ์์ ๋จ์ผ ๋์ DNA (ssDNA) / ์ฌ๋ฆฌ๊ณ ๋ดํด๋ ์คํฐ๋ | ~1.9 | ~2.0โ2.2 | ์ผ๊ธฐ ์กฐ์ฑ์ ๋ฐ๋ผ dsDNA์ RNA ์ฌ์ด์์ ๋ณํจ |
| A260/A280์ด ~1.7 ๋ฏธ๋ง | < 1.7 | โ | ๋จ๋ฐฑ์ง, ํ๋ ๋๋ ๊ธฐํ 280 nm ํก์๋ฌผ์ง์ด ์กด์ฌํ ๊ฐ๋ฅ์ฑ |
| A260/A280์ด ~2.0 ์ด๊ณผ (DNA์ ๊ฒฝ์ฐ) | > 2.0 | โ | RNA ํผ์ , ๋ถํด๋ ๋ดํด๋ ์คํฐ๋ ๋๋ ์์นผ๋ฆฌ์ฑ pH ๊ฐ๋ฅ์ฑ |
| ๋ฎ์ A260/A230 (์: < 1.8) | โ | < 1.8 | ๊ตฌ์๋๋ ์ผ, ํ๋, EDTA ๋๋ ํ์ํ๋ฌผ ์ค์ผ |
์ผ๋ฐ์ ์ธ ์ค์ผ๋ฌผ์ง๊ณผ ๊ทธ ์ํฅ
- ๋จ๋ฐฑ์ง โ 280 nm์์ ๊ฐํ๊ฒ ํก์(ํธ๋ฆฝํ ํ, ํฐ๋ก์ , ํ๋์๋ผ๋)ํ์ฌ A260/A280 ๋น์จ์ 1.8 ๋ฏธ๋ง์ผ๋ก ๋ฎ์ถฅ๋๋ค.
- ํ๋ โ ํ๋-ํด๋ก๋กํฌ๋ฆ ์ถ์ถ์ ์๋ฅ๋ฌผ; 270โ280 nm ๊ทผ์ฒ์ 230 nm์์๋ ํก์ํ์ฌ ๋ ๋น์จ ๋ชจ๋๋ฅผ ๋ฎ์ถ๊ณ ๊ฒ๋ณด๊ธฐ ์์จ์ ๋์ ๋๋ค.
- ๊ตฌ์๋๋ / ์นด์คํธ๋กํฝ ์ผ ๋ฐ EDTA โ ์ฝ 230 nm ์ฃผ๋ณ์์ ํก์ํ์ฌ ์ฃผ๋ก A260/A230 ๋น์จ์ ๋ฎ์ถ๋ฉด์ A260/A280๋ ์ ์์ ๊ฐ๊น๊ฒ ์ ์ง๋ฉ๋๋ค.
- DNA ์ค๋น์์ RNA โ ์ด ๋น์จ์์ RNA๊ฐ DNA๋ณด๋ค ๋๊ฒ ๋ํ๋๋ฏ๋ก A260/A280 ๋น์จ์ ์ํฅ(2.0 ๋ฐฉํฅ)์ผ๋ก ์ฌ๋ฆฝ๋๋ค.
์์ ์์: ๋ถ๊ด๊ด๋๊ณ๊ฐ A260 = 0.452, A280 = 0.251์ ๋ํ๋ ๋๋ค. ์๋ ๋น์จ์ 1.80์ผ๋ก, ๊นจ๋ํ ์ด์ค ๋์ DNA๋ฅผ ๋ํ๋ ๋๋ค. ๋น์จ์ pH ~7.5โ8.5์์ ์ ์ ํ ๋ฒํผ ๊ณต๋ฐฑ์ผ๋ก ์ธก์ ํ ๋๋ง ์๋ฏธ๊ฐ ์์ผ๋ฉฐ, ์ฐ์ฑ ์กฐ๊ฑด์์๋ ๊ฐ์ ์ต๋ ~0.2โ0.3๊น์ง ์ธ์์ ์ผ๋ก ๋ฎ์ถ ์ ์์ต๋๋ค.
์์ฃผ ๋ฌป๋ ์ง๋ฌธ
์ด๋ค ๊ฐ์ด ์์ํ DNA๋ฅผ ์๋ฏธํ๋์? ์ฝ 1.8 ์ ๋๋ฉด ์์ํ ์ด์ค๊ฐ๋ฅ DNA๋ก ๋ด ๋๋ค.
RNA๋ ์ด๋ค๊ฐ์? ์์ํ RNA๋ ๋ณดํต ์ฝ 2.0์ ๋น์จ์ ๋ณด์ ๋๋ค.
A260/A230๋ ํ์ธํด์ผ ํ๋์? ๋ค, ๊ถ์ฅํฉ๋๋ค. A260/A230 ๋น์จ(์ด์์ ์ผ๋ก 2.0~2.2)์ A260/A280๋ง์ผ๋ก๋ ๋์น ์ ์๋ ๊ตฌ์๋๋์ด๋ ํ๋ ๊ฐ์ ์ ๊ธฐ ์ค์ผ๋ฌผ์ง์ ์ก์๋ด๋ ๋ฐ ๋์์ด ๋ฉ๋๋ค.