Что такое калькулятор лигирования?
Калькулятор лигирования определяет, сколько ДНК-вставки нужно взять для реакции лигирования, чтобы вставка и вектор присутствовали в заданном молярном соотношении. Поскольку более длинные фрагменты ДНК весят больше в расчёте на одну молекулу, нельзя просто смешать равные массы вставки и вектора — массу вставки необходимо скорректировать с учётом относительных длин фрагментов и нужного молярного соотношения. Инструмент универсален и подходит для стандартного молекулярного клонирования в любой лаборатории и в любой стране.
Как пользоваться калькулятором
Введите массу вектора, которую планируете использовать (в нанограммах), длину вектора в парах оснований (п.о.), длину вставки в п.о. и желаемое молярное соотношение вставка:вектор (соотношение 3:1 — частая отправная точка для лигирования по «липким» концам). Калькулятор покажет массу вставки в нг, которую нужно добавить к вектору.
Формула расчёта
Необходимая масса вставки рассчитывается так:
$$\text{масса вставки} = \frac{\text{соотношение} \times \text{длина вставки} \times \text{масса вектора}}{\text{длина вектора}}$$
Дробь (длина вставки / длина вектора) переводит массовое соотношение 1:1 в молярное соотношение 1:1, а умножение на желаемое молярное соотношение приводит результат к нужному значению. Итог выражается в той же единице массы, что и масса вектора (нг).
Пример расчёта
Допустим, вы берёте 50 нг вектора длиной 5000 п.о. и хотите получить молярное соотношение 3:1 со вставкой длиной 1000 п.о. Тогда масса вставки $$= \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ нг}.$$ То есть в реакцию нужно добавить 30 нг вставки.
Частые вопросы
Какое молярное соотношение выбрать? Для лигирования по когезивным («липким») концам обычно используют соотношение 3:1 (вставка:вектор); распространены значения от 1:1 до 5:1 (а для «тупых» концов — и выше). Если клонирование идёт трудно, попробуйте несколько вариантов.
Результат указан в нг? Да. Масса вставки возвращается в той же единице, что вы задали для массы вектора, — здесь это нанограммы.
Включает ли длина остов вектора? Используйте полную длину каждой линеаризованной молекулы в парах оснований: для вектора — вместе с остовом, для вставки — весь фрагмент целиком.
