什麼是接合反應計算機?
接合反應計算機可幫你算出設定接合(ligation)反應時所需的插入片段 DNA 量,讓插入片段與載體以你指定的莫耳比共存於反應中。由於 DNA 片段越長、每個分子的重量越重,所以不能單純把等量的插入片段與載體混在一起——必須依照兩者的相對長度與目標莫耳比來換算插入片段的質量。本工具屬通用型,適用於各種標準分子選殖實驗,不受實驗室或國家限制。
使用方式
輸入你預計使用的載體質量(以奈克 ng 為單位)、載體長度(鹼基對 bp)、插入片段長度(bp),以及你希望的插入片段:載體莫耳比(黏性末端接合常以 3:1 的插入片段對載體比例作為起始設定)。計算機會回傳應與載體搭配的插入片段質量(ng)。
公式說明
所需的插入片段質量計算如下:
$$\text{插入片段質量} = \frac{\text{莫耳比} \times \text{插入片段長度} \times \text{載體質量}}{\text{載體長度}}$$
其中(插入片段長度 / 載體長度)這個比值,可把 1:1 的質量比換算成 1:1 的莫耳比;再乘以你想要的莫耳比,就能調整到目標比例。計算結果以與載體質量相同的單位(ng)表示。
實際範例
假設你使用 50 ng、長度為 5000 bp 的載體,並希望與 1000 bp 的插入片段達到 3:1 的莫耳比。則插入片段質量 $$= \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}$$。因此你應在反應中加入 30 ng 的插入片段。
常見問題
該使用哪種莫耳比?黏性末端(cohesive-end)接合通常以 3:1 的插入片段:載體比例最為常見;一般會落在 1:1 到 5:1 之間(鈍端 blunt-end 可能更高)。若選殖不順利,建議多試幾種比例。
答案的單位是 ng 嗎?是的。插入片段質量會以你輸入載體質量時所用的單位回傳,這裡即為奈克(ng)。
長度需要包含載體骨架嗎?請使用每個線性化分子的完整鹼基對長度——載體要含骨架,插入片段則為整段片段的長度。