라이게이션 계산기란?
라이게이션 계산기는 인서트와 벡터를 원하는 몰 비율로 맞춰 라이게이션 반응을 세팅할 때 필요한 인서트 DNA 양을 계산해 줍니다. DNA 단편은 길수록 분자 하나의 무게가 무거워지기 때문에, 단순히 인서트와 벡터를 같은 질량으로 섞는다고 같은 몰 수가 되지는 않습니다. 따라서 두 단편의 상대적인 길이와 원하는 몰 비율에 맞춰 인서트 질량을 보정해야 합니다. 이 도구는 실험실이나 국가에 관계없이 표준적인 분자 클로닝 전반에 두루 사용할 수 있습니다.
사용 방법
사용하려는 벡터의 양(나노그램, ng), 벡터의 길이(염기쌍, bp), 인서트의 길이(bp), 그리고 원하는 인서트:벡터 몰 비율을 입력하세요. 점착 말단(sticky-end) 라이게이션에서는 인서트:벡터 = 3:1이 흔히 쓰이는 출발점입니다. 그러면 계산기가 벡터와 함께 넣어야 할 인서트의 양을 ng 단위로 알려 줍니다.
공식 설명
필요한 인서트 양은 다음과 같이 구합니다.
$$\text{인서트 양} = \frac{\text{몰 비율} \times \text{인서트 길이} \times \text{벡터 양}}{\text{벡터 길이}}$$여기서 (인서트 길이 / 벡터 길이) 항은 1:1 질량 비율을 1:1 몰 비율로 변환해 주는 역할을 하며, 여기에 원하는 몰 비율을 곱하면 목표 비율에 맞게 보정됩니다. 결과는 벡터 양과 동일한 질량 단위(ng)로 표시됩니다.
계산 예시
5000 bp 벡터를 50 ng 사용하고, 1000 bp 인서트와 3:1 몰 비율로 맞추고 싶다고 가정해 봅시다. 그러면 인서트 양 $$= \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}$$가 됩니다. 즉, 반응액에 인서트 30 ng을 넣으면 됩니다.
자주 묻는 질문
어떤 몰 비율을 써야 하나요? 점착 말단 라이게이션에서는 인서트:벡터 = 3:1이 일반적입니다. 1:1부터 5:1까지(평활 말단의 경우 더 높게) 다양하게 쓰이므로, 클로닝이 잘 안 될 때는 여러 비율을 시도해 보세요.
결과 단위가 ng인가요? 네. 인서트 양은 벡터 양에 사용한 단위와 동일하게 표시되며, 여기서는 나노그램(ng)입니다.
길이에 벡터 백본도 포함되나요? 선형화된 각 분자의 전체 길이를 bp 단위로 입력하세요. 벡터는 백본을 포함한 전체 길이를, 인서트는 단편 전체 길이를 사용합니다.
