什么是连接反应计算器?
连接反应计算器用于计算建立连接反应时所需的插入DNA用量,使插入片段与载体按你设定的摩尔比配比。由于DNA片段越长,单个分子的质量就越大,因此不能简单地把等质量的插入片段和载体混在一起——必须根据二者的相对长度和目标摩尔比来换算插入片段的质量。本工具具有通用性,适用于标准分子克隆操作,不受实验室或国家限制。
使用方法
输入你计划使用的载体质量(单位:纳克 ng)、载体长度(碱基对 bp)、插入片段长度(bp),以及你想要的插入片段:载体摩尔比(粘性末端连接通常以 3:1 的插入:载体比例作为起点)。计算器会返回需要与载体一起加入的插入DNA质量(ng)。
公式解析
所需插入片段质量的计算公式为:
$$\text{插入片段质量} = \frac{\text{摩尔比} \times \text{插入片段长度} \times \text{载体质量}}{\text{载体长度}}$$公式中的(插入片段长度 / 载体长度)这一比值,可将 1:1 的质量比换算为 1:1 的摩尔比,再乘以目标摩尔比即可得到所需用量。计算结果与载体质量采用相同的质量单位(ng)。
实例演算
假设你使用 50 ng 的 5000 bp 载体,想与 1000 bp 的插入片段按 3:1 的摩尔比连接。那么插入片段质量 =
$$\frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}$$也就是说,反应体系中需要加入 30 ng 的插入片段。
常见问题
应该用什么摩尔比? 粘性末端(互补末端)连接通常采用 3:1 的插入:载体比例;常用范围为 1:1 到 5:1(平末端连接可更高)。如果克隆效果不理想,可以多尝试几种比例。
结果的单位是 ng 吗? 是的。插入片段质量采用与载体质量相同的单位,这里即为纳克(ng)。
长度是否包含载体骨架? 请使用每个线性化分子的完整碱基对长度——载体应包含其骨架,插入片段应为整个片段的长度。