लाइगेशन कैलकुलेटर क्या है?
लाइगेशन कैलकुलेटर यह बताता है कि लाइगेशन रिएक्शन सेट करने के लिए आपको कितने इन्सर्ट DNA की ज़रूरत है, ताकि इन्सर्ट और वेक्टर आपके चुने हुए मोलर अनुपात में मौजूद रहें। चूँकि लंबे DNA खंड प्रति अणु ज़्यादा भारी होते हैं, इसलिए आप बस इन्सर्ट और वेक्टर को बराबर मास में नहीं मिला सकते — आपको इन्सर्ट के मास को उनकी सापेक्ष लंबाई और मनचाहे मोलर अनुपात के हिसाब से समायोजित करना पड़ता है। यह टूल सार्वभौमिक है और किसी भी प्रयोगशाला या देश में मानक मॉलिक्युलर क्लोनिंग पर लागू होता है।
इसका इस्तेमाल कैसे करें
जितना वेक्टर आप इस्तेमाल करने वाले हैं उसका मास (नैनोग्राम में), वेक्टर की लंबाई बेस पेयर (bp) में, अपने इन्सर्ट की लंबाई bp में, और जो इन्सर्ट:वेक्टर मोलर अनुपात आप चाहते हैं उसे दर्ज करें (स्टिकी-एंड लाइगेशन के लिए 3:1 इन्सर्ट-टू-वेक्टर अनुपात आम तौर पर एक अच्छा शुरुआती बिंदु है)। कैलकुलेटर आपको वेक्टर के साथ मिलाने के लिए ज़रूरी इन्सर्ट का मास ng में बता देगा।
फ़ॉर्मूला समझें
ज़रूरी इन्सर्ट मास इस तरह निकाला जाता है:
$$\text{इन्सर्ट मास} = \frac{\text{अनुपात} \times \text{इन्सर्ट लंबाई} \times \text{वेक्टर मास}}{\text{वेक्टर लंबाई}}$$
(इन्सर्ट लंबाई / वेक्टर लंबाई) यह भिन्न 1:1 मास अनुपात को 1:1 मोलर अनुपात में बदल देता है, और इसे मनचाहे मोलर अनुपात से गुणा करने पर यह आपके लक्ष्य के अनुसार समायोजित हो जाता है। नतीजा उसी मास इकाई में आता है जिसमें वेक्टर मास दिया गया है (ng)।
हल किया हुआ उदाहरण
मान लीजिए आप 5000 bp के वेक्टर का 50 ng इस्तेमाल करते हैं और 1000 bp के इन्सर्ट के साथ 3:1 मोलर अनुपात चाहते हैं। तब $$\text{इन्सर्ट मास} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}$$ यानी आप रिएक्शन में 30 ng इन्सर्ट डालेंगे।
अक्सर पूछे जाने वाले सवाल
मुझे कौन सा मोलर अनुपात इस्तेमाल करना चाहिए? कोहेसिव-एंड (स्टिकी-एंड) लाइगेशन के लिए 3:1 इन्सर्ट:वेक्टर अनुपात आम है; 1:1 से लेकर 5:1 तक के अनुपात (ब्लंट एंड के लिए इससे भी ज़्यादा) आम तौर पर इस्तेमाल होते हैं — अगर क्लोनिंग में दिक्कत आ रही हो तो कुछ अलग-अलग अनुपात आज़माएँ।
क्या जवाब ng में होता है? हाँ। इन्सर्ट मास उसी इकाई में मिलता है जिसमें आपने वेक्टर मास दिया था, जो यहाँ नैनोग्राम है।
क्या लंबाई में वेक्टर बैकबोन शामिल होता है? हर लीनियराइज़्ड अणु की पूरी लंबाई बेस पेयर में इस्तेमाल करें — वेक्टर के लिए बैकबोन समेत और इन्सर्ट के लिए पूरा खंड।
