ライゲーション計算ツールとは？
このライゲーション計算ツールは、インサートとベクターを希望のモル比でそろえてライゲーション反応を組むために、どれだけのインサートDNAが必要かを算出します。長いDNA断片ほど1分子あたりの重さが大きくなるため、インサートとベクターを単純に同じ質量で混ぜることはできません。両者の長さの比と目的のモル比に合わせて、インサート量を調整する必要があります。本ツールはどの研究室・どの国の実験でも使える汎用的なもので、標準的な分子クローニング全般に対応しています。
使い方
使用するベクター量（ナノグラム単位）、ベクターの長さ（塩基対：bp）、インサートの長さ（bp）、そして希望するインサート：ベクターのモル比を入力します（付着末端のライゲーションでは、インサート：ベクター＝3：1が出発点としてよく使われます）。計算ツールは、ベクターと混ぜ合わせるべきインサートの質量をng単位で返します。
計算式の解説
必要なインサート量は次の式で求められます。
$$\text{インサート量} = \frac{\text{モル比} \times \text{インサート長} \times \text{ベクター量}}{\text{ベクター長}}$$
（インサート長 / ベクター長）の分数は、1：1の質量比を1：1のモル比に換算する役割を持ち、これに目的のモル比を掛けることで狙いの比率にスケールされます。結果はベクター量と同じ質量単位（ng）で表されます。
計算例
たとえば、5000 bpのベクターを50 ng使い、1000 bpのインサートとモル比3：1にしたい場合を考えます。すると、$$\text{インサート量} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}$$ となります。つまり、反応系には30 ngのインサートを加えればよいことになります。
よくある質問
どのモル比を使えばよいですか？ 付着末端のライゲーションでは、インサート：ベクター＝3：1が一般的です。1：1から5：1（平滑末端ではさらに高い比率）まで幅広く使われており、クローニングがうまくいかない場合はいくつかの比率を試してみてください。
答えはng単位ですか？ はい。インサート量は、ベクター量に使った単位と同じ単位で返されます。ここではナノグラムです。
長さにはベクター骨格（バックボーン）も含めますか？ 各分子を直鎖化した状態の全長を塩基対で入力してください。ベクターは骨格を含む全長、インサートは断片全体の長さを使います。
