Qu'est-ce que le calculateur de ligation ?
Le calculateur de ligation détermine la quantité d'ADN insert dont vous avez besoin pour préparer une réaction de ligation, de sorte que l'insert et le vecteur soient présents selon un rapport molaire choisi. Comme les fragments d'ADN plus longs sont plus lourds par molécule, vous ne pouvez pas simplement mélanger des masses égales d'insert et de vecteur : il faut ajuster la masse de l'insert en fonction des longueurs relatives et du rapport molaire souhaité. Cet outil est universel et s'applique au clonage moléculaire classique, quel que soit le laboratoire ou le pays.
Comment l'utiliser
Saisissez la masse de vecteur que vous comptez utiliser (en nanogrammes), la longueur du vecteur en paires de bases (pb), la longueur de votre insert en pb, ainsi que le rapport molaire insert:vecteur souhaité (un rapport insert/vecteur de 3:1 est un point de départ courant pour les ligations à bouts cohésifs). Le calculateur renvoie la masse d'insert, en ng, à associer au vecteur.
La formule expliquée
La masse d'insert requise est donnée par :
$$\text{masse d'insert} = \frac{\text{rapport} \times \text{longueur de l'insert} \times \text{masse du vecteur}}{\text{longueur du vecteur}}$$
La fraction (longueur de l'insert / longueur du vecteur) transforme un rapport massique de 1:1 en un rapport molaire de 1:1, et la multiplication par le rapport molaire souhaité l'ajuste à votre objectif. Le résultat est exprimé dans la même unité de masse que celle du vecteur (ng).
Exemple concret
Supposons que vous utilisiez 50 ng d'un vecteur de 5000 pb et que vous souhaitiez un rapport molaire de 3:1 avec un insert de 1000 pb. Alors $$\text{masse d'insert} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}.$$ Vous ajouteriez donc 30 ng d'insert à la réaction.
FAQ
Quel rapport molaire utiliser ? Un rapport insert:vecteur de 3:1 est classique pour les ligations à bouts cohésifs ; des rapports allant de 1:1 jusqu'à 5:1 (voire davantage pour les bouts francs) sont courants — testez-en plusieurs si le clonage s'avère difficile.
Le résultat est-il en ng ? Oui. La masse d'insert est renvoyée dans la même unité que celle utilisée pour la masse du vecteur, soit ici des nanogrammes.
La longueur inclut-elle le squelette du vecteur ? Utilisez la longueur totale de chaque molécule linéarisée en paires de bases, y compris le squelette pour le vecteur et l'intégralité du fragment pour l'insert.
