Công cụ tính phản ứng nối DNA là gì?
Công cụ này giúp bạn xác định cần bao nhiêu DNA insert để thiết lập phản ứng ligation sao cho insert và vector hiện diện đúng theo tỉ lệ mol mà bạn chọn. Vì các đoạn DNA dài hơn sẽ nặng hơn trên mỗi phân tử, bạn không thể chỉ đơn giản trộn insert và vector với khối lượng bằng nhau — phải điều chỉnh khối lượng insert theo chiều dài tương đối và tỉ lệ mol mong muốn. Đây là công cụ mang tính phổ quát, áp dụng cho mọi quy trình clone phân tử tiêu chuẩn, không phụ thuộc vào phòng thí nghiệm hay quốc gia.
Cách sử dụng
Nhập khối lượng vector mà bạn dự định dùng (đơn vị nanogram), chiều dài vector tính theo cặp base (bp), chiều dài insert tính theo bp, và tỉ lệ mol insert:vector mong muốn (tỉ lệ 3:1 insert so với vector là điểm khởi đầu phổ biến cho ligation đầu dính - sticky-end). Công cụ sẽ trả về khối lượng insert (ng) cần kết hợp với vector.
Giải thích công thức
Khối lượng insert cần thiết được tính theo công thức:
$$\text{khối lượng insert} = \frac{\text{tỉ lệ} \times \text{chiều dài insert} \times \text{khối lượng vector}}{\text{chiều dài vector}}$$
Tỉ số (chiều dài insert / chiều dài vector) sẽ chuyển một tỉ lệ khối lượng 1:1 thành tỉ lệ mol 1:1, và việc nhân với tỉ lệ mol mong muốn sẽ điều chỉnh kết quả về đúng mục tiêu của bạn. Kết quả được biểu thị cùng đơn vị khối lượng với vector (ng).
Ví dụ minh họa
Giả sử bạn dùng 50 ng vector dài 5000 bp và muốn đạt tỉ lệ mol 3:1 với insert dài 1000 bp. Khi đó $$\text{khối lượng insert} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}.$$ Vậy bạn sẽ thêm 30 ng insert vào phản ứng.
Câu hỏi thường gặp
Nên dùng tỉ lệ mol nào? Tỉ lệ insert:vector 3:1 là phổ biến cho ligation đầu dính; các tỉ lệ từ 1:1 đến 5:1 (hoặc cao hơn với đầu bằng - blunt end) đều thông dụng — hãy thử vài tỉ lệ nếu việc clone gặp khó khăn.
Kết quả có tính bằng ng không? Đúng vậy. Khối lượng insert được trả về cùng đơn vị bạn dùng cho khối lượng vector, ở đây là nanogram.
Chiều dài có bao gồm cả khung xương vector (backbone) không? Hãy dùng chiều dài đầy đủ của từng phân tử đã được làm thẳng (linearized) tính theo cặp base, bao gồm cả backbone đối với vector và toàn bộ đoạn đối với insert.
