¿Qué es la calculadora de ligación?
La calculadora de ligación determina cuánto ADN de inserto necesitas para montar una reacción de ligación de modo que el inserto y el vector estén presentes en la relación molar que elijas. Como los fragmentos de ADN más largos pesan más por molécula, no basta con mezclar masas iguales de inserto y vector: hay que ajustar la masa del inserto según las longitudes relativas y la relación molar deseada. Esta herramienta es universal y sirve para la clonación molecular estándar, independientemente del laboratorio o del país.
Cómo usarla
Introduce la masa de vector que vas a emplear (en nanogramos), la longitud del vector en pares de bases (pb), la longitud del inserto en pb y la relación molar inserto:vector que buscas (una relación 3:1 inserto-vector es un punto de partida habitual en las ligaciones de extremos cohesivos). La calculadora te devuelve la masa de inserto, en ng, que debes combinar con el vector.
La fórmula explicada
La masa de inserto necesaria se obtiene así:
$$\text{masa de inserto} = \frac{\text{relación} \times \text{longitud del inserto} \times \text{masa del vector}}{\text{longitud del vector}}$$
La fracción (longitud del inserto / longitud del vector) convierte una relación de masas 1:1 en una relación molar 1:1, y al multiplicarla por la relación molar deseada la ajustas a tu objetivo. El resultado se expresa en la misma unidad de masa que la del vector (ng).
Ejemplo resuelto
Supón que usas 50 ng de un vector de 5000 pb y quieres una relación molar 3:1 con un inserto de 1000 pb. Entonces $$\text{masa de inserto} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ ng}.$$ Así que añadirías 30 ng de inserto a la reacción.
Preguntas frecuentes
¿Qué relación molar debo usar? Una relación inserto:vector de 3:1 es la más común en ligaciones de extremos cohesivos; las relaciones de 1:1 hasta 5:1 (o mayores para extremos romos) también son habituales. Si la clonación se complica, prueba varias.
¿El resultado está en ng? Sí. La masa de inserto se devuelve en la misma unidad que usaste para la masa del vector, que aquí son nanogramos.
¿La longitud incluye el esqueleto del vector? Usa la longitud completa de cada molécula linealizada en pares de bases, incluyendo el esqueleto en el caso del vector y el fragmento entero en el caso del inserto.
