ما هي حاسبة الربط (Ligation)؟
تساعدك حاسبة الربط على تحديد كمية الـDNA المُدرَج (Insert) التي تحتاجها لإعداد تفاعل ربط بحيث تتواجد القطعة المُدرَجة والناقل (Vector) بنسبة مولية مختارة. وبما أن قطع الـDNA الأطول تكون أثقل وزنًا لكل جزيء، فلا يمكنك ببساطة خلط كتل متساوية من القطعة المُدرَجة والناقل، بل عليك أن تُكيّف كتلة القطعة المُدرَجة وفقًا للأطوال النسبية والنسبة المولية المطلوبة. هذه الأداة عامة وتنطبق على الاستنساخ الجزيئي القياسي بغضّ النظر عن المختبر أو الدولة.
طريقة الاستخدام
أدخل كتلة الناقل التي تنوي استخدامها (بالنانوغرام)، وطول الناقل بأزواج القواعد (bp)، وطول القطعة المُدرَجة بأزواج القواعد (bp)، والنسبة المولية المطلوبة بين القطعة المُدرَجة والناقل (تُعدّ النسبة 3:1 من القطعة المُدرَجة إلى الناقل نقطة بداية شائعة لعمليات الربط ذات الأطراف اللاصقة). تُرجع الحاسبة كتلة القطعة المُدرَجة بالنانوغرام التي يجب دمجها مع الناقل.
شرح المعادلة
تُحسب كتلة القطعة المُدرَجة المطلوبة على النحو التالي:
$$\text{كتلة القطعة المُدرَجة} = \frac{\text{النسبة} \times \text{طول القطعة المُدرَجة} \times \text{كتلة الناقل}}{\text{طول الناقل}}$$
تحوّل النسبة (طول القطعة المُدرَجة ÷ طول الناقل) النسبة الكتلية 1:1 إلى نسبة مولية 1:1، وضربها في النسبة المولية المطلوبة يضبطها لتصل إلى هدفك. ويُعبَّر عن النتيجة بنفس وحدة الكتلة المستخدمة لكتلة الناقل (نانوغرام).
مثال محلول
لنفترض أنك تستخدم 50 نانوغرام من ناقل طوله 5000 زوج قاعدة وتريد نسبة مولية 3:1 مع قطعة مُدرَجة طولها 1000 زوج قاعدة. عندها تكون $$\text{كتلة القطعة المُدرَجة} = \frac{3 \times 1000 \times 50}{5000} = \frac{150000}{5000} = 30 \text{ نانوغرام}.$$ أي أنك ستضيف 30 نانوغرام من القطعة المُدرَجة إلى التفاعل.
الأسئلة الشائعة
ما النسبة المولية التي ينبغي استخدامها؟ النسبة 3:1 بين القطعة المُدرَجة والناقل نموذجية لعمليات الربط ذات الأطراف اللاصقة؛ والنسب من 1:1 حتى 5:1 (أو أعلى للأطراف الكليلة) شائعة الاستخدام، لذا جرّب عدة نسب إذا كان الاستنساخ صعبًا.
هل النتيجة بالنانوغرام؟ نعم. تُرجَع كتلة القطعة المُدرَجة بنفس الوحدة التي استخدمتها لكتلة الناقل، وهي هنا النانوغرام.
هل يشمل الطول الهيكل الأساسي للناقل (backbone)؟ استخدم الطول الكامل لكل جزيء مُخطّط (مُستقيم) بأزواج القواعد، بما في ذلك الهيكل الأساسي للناقل والقطعة كاملةً بالنسبة للجزء المُدرَج.
