Qu'est-ce qu'un calculateur de master mix PCR ?
Un calculateur de master mix PCR détermine la quantité de chaque réactif nécessaire pour préparer une série de tubes destinés à la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Plutôt que de pipeter chaque composant dans chaque tube, vous préparez un mélange commun unique — le master mix — que vous répartissez ensuite en aliquotes. L'outil multiplie chaque réactif par le nombre de réactions, auquel s'ajoute un excédent de pipetage, afin de ne jamais tomber à court.
Comment l'utiliser
Saisissez le volume d'une réaction unique, le nombre de réactions et l'excédent de pipetage (généralement 5 à 10 %). Pour chaque réactif, indiquez la concentration du stock et la concentration finale souhaitée dans la réaction. Le calculateur affiche le volume de chaque réactif, le volume de matrice (template) et le volume d'eau exempte de nucléases servant à compléter le mélange.
La formule expliquée
Le volume de chaque réactif découle de la relation de dilution \(C_1 V_1 = C_2 V_2\). Pour un master mix, on multiplie par le nombre effectif de réactions \(n = \text{réactions} \times (1 + \text{excédent}/100)\) :
$$V_{\text{composant}} = \frac{C_{\text{finale}} \times V_{\text{réaction}} \times n}{C_{\text{stock}}}$$Les unités doivent être cohérentes entre le stock et la concentration finale de chaque composant (X avec X, mM avec mM, µM avec µM, U/µL avec U/µL).
Exemple concret
Pour 10 réactions de 25 µL avec 10 % d'excédent, \(n = 10 \times 1{,}10 = 11\). Un tampon 10X ramené à 1X nécessite
$$\frac{1 \times 25 \times 11}{10} = 27{,}5 \ \mu\text{L}$$Des dNTP passant de 10 mM à 0,2 mM nécessitent
$$\frac{0{,}2 \times 25 \times 11}{10} = 5{,}5 \ \mu\text{L}$$Le volume total du mélange est de \(25 \times 11 = 275 \ \mu\text{L}\), et l'eau complète ce qui reste une fois tous les réactifs et la matrice ajoutés.
FAQ
Pourquoi ajouter un excédent de pipetage ? Les petites pertes de volume sur les cônes et les parois des tubes s'accumulent ; un surplus de 5 à 10 % garantit que le dernier tube reçoit une réaction complète.
Que faire si le volume d'eau est négatif ? C'est que vos volumes de réactifs dépassent déjà le volume de la réaction : réduisez une concentration finale, augmentez une concentration de stock, ou augmentez le volume de la réaction.
Puis-je laisser un composant vide ? Mettez son stock à 0 pour l'exclure ; le volume de ce réactif devient nul et l'eau compense.
