PCRマスターミックス計算機とは?
PCRマスターミックス計算機は、複数本のPCRチューブをまとめて準備する際に、各試薬がどれだけ必要かを算出するツールです。1本ずつすべての試薬をピペッティングするのではなく、共通のマスターミックスを一度に調製し、各チューブへ分注します。本ツールは反応数にピペッティング余剰を加えた数で各試薬量をスケーリングするため、最後のチューブで試薬が足りなくなる心配がありません。
使い方
1反応あたりの液量、反応数、ピペッティング余剰(通常5〜10%)を入力します。各試薬について、ストック濃度と反応中の目的最終濃度を入力してください。計算機は各試薬の必要量、テンプレート量、そして全体を調整するヌクレアーゼフリー水の量を返します。
計算式の解説
各試薬量は希釈の基本式 \(C_1 V_1 = C_2 V_2\) から求められます。マスターミックスでは、実効反応数 \(n = \text{反応数} \times (1 + \text{余剰}/100)\) を掛け合わせます:
$$V = \frac{C_{\text{最終}} \times V_{\text{反応}} \times n}{C_{\text{ストック}}}$$各成分でストックと最終の単位を必ず揃えてください(XはXと、mMはmMと、µMはµMと、U/µLはU/µLと)。
計算例
25 µLの反応を10本、余剰10%で調製する場合、\(n = 10 \times 1.10 = 11\) となります。10倍濃度のバッファーを1倍にするには
$$\frac{1 \times 25 \times 11}{10} = 27.5\ \text{µL}$$が必要です。dNTPsを10 mMから0.2 mMにするには
$$\frac{0.2 \times 25 \times 11}{10} = 5.5\ \text{µL}$$となります。マスターミックスの総量は \(25 \times 11 = 275\ \text{µL}\) で、すべての試薬とテンプレートを差し引いた残りを水で満たします。
よくある質問
なぜピペッティング余剰を加えるのですか? チップやチューブ壁面でのわずかな液量ロスが積み重なります。5〜10%多めに見積もることで、最後のチューブにも完全な1反応分が行き渡ります。
水量がマイナスになったらどうすればよいですか? 試薬量の合計がすでに反応液量を超えています。いずれかの最終濃度を下げる、ストック濃度を上げる、または反応液量を増やしてください。
使わない成分は空欄でもよいですか? その成分のストックを0に設定すれば除外できます。その試薬量は0になり、その分を水が補います。