Công cụ tính Master Mix PCR là gì?
Công cụ tính master mix PCR giúp bạn xác định cần bao nhiêu của mỗi hóa chất để pha một mẻ ống phản ứng chuỗi polymerase (PCR). Thay vì phải pipet từng thành phần vào mỗi ống, bạn pha sẵn một hỗn hợp master mix dùng chung rồi chia đều ra. Công cụ này nhân từng hóa chất theo số phản ứng cộng thêm phần dư khi pipet, nhờ vậy bạn không bao giờ bị thiếu hụt.
Cách sử dụng
Nhập thể tích của một phản ứng đơn, số lượng phản ứng và phần dư pipet (thường là 5–10%). Với mỗi hóa chất, nhập nồng độ gốc và nồng độ cuối mong muốn trong phản ứng. Công cụ sẽ trả về thể tích của từng hóa chất, thể tích DNA khuôn và thể tích nước không chứa nuclease cần thêm để cân bằng.
Giải thích công thức
Thể tích mỗi hóa chất được tính từ quan hệ pha loãng \(C_1 V_1 = C_2 V_2\). Với master mix, ta nhân thêm số phản ứng thực tế \(n = \text{số phản ứng} \times \left(1 + \frac{\text{phần dư}}{100}\right)\):
$$V = \frac{C_{\text{cuối}} \times V_{\text{phản ứng}} \times n}{C_{\text{gốc}}}$$Đơn vị của nồng độ gốc và nồng độ cuối của mỗi thành phần phải đồng nhất với nhau (X với X, mM với mM, µM với µM, U/µL với U/µL).
Ví dụ minh họa
Với 10 phản ứng, mỗi phản ứng 25 µL, phần dư 10% thì \(n = 10 \times 1{,}10 = 11\). Buffer 10X pha về 1X cần
$$\frac{1 \times 25 \times 11}{10} = 27{,}5 \text{ µL}$$dNTP từ 10 mM về 0,2 mM cần
$$\frac{0{,}2 \times 25 \times 11}{10} = 5{,}5 \text{ µL}$$Tổng thể tích hỗn hợp là \(25 \times 11 = 275\) µL, và nước sẽ bù vào phần còn lại sau khi đã trừ tất cả hóa chất và DNA khuôn.
Câu hỏi thường gặp
Vì sao phải thêm phần dư khi pipet? Lượng dịch thất thoát nhỏ bám trên đầu tip và thành ống cộng dồn lại đáng kể; thêm 5–10% sẽ đảm bảo ống cuối cùng vẫn nhận đủ một phản ứng trọn vẹn.
Nếu thể tích nước ra số âm thì sao? Khi đó tổng thể tích các hóa chất đã vượt quá thể tích phản ứng — hãy giảm một nồng độ cuối, tăng một nồng độ gốc, hoặc tăng thể tích phản ứng.
Có thể bỏ trống một thành phần không? Đặt nồng độ gốc của nó bằng 0 để loại bỏ; thể tích hóa chất đó sẽ thành 0 và nước sẽ bù vào.
