PCR ๋ง์คํฐ ๋ฏน์ค ๊ณ์ฐ๊ธฐ๋?
PCR ๋ง์คํฐ ๋ฏน์ค ๊ณ์ฐ๊ธฐ๋ ์ฌ๋ฌ ๊ฐ์ ์คํฉํจ์ ์ฐ์๋ฐ์(PCR) ํ๋ธ๋ฅผ ํ ๋ฒ์ ์ค๋นํ ๋ ๊ฐ ์์ฝ์ ์ผ๋ง๋ ๋ฃ์ด์ผ ํ๋์ง ๊ณ์ฐํด ์ฃผ๋ ๋๊ตฌ์ ๋๋ค. ํ๋ธ๋ง๋ค ์์ฝ์ ํ๋ํ๋ ๋ถ์ฃผํ๋ ๋์ , ๊ณตํต์ผ๋ก ์ธ ๋ง์คํฐ ๋ฏน์ค๋ฅผ ํ๊บผ๋ฒ์ ๋ง๋ค์ด ๋๋ ๋ด๋ ๋ฐฉ์์ด์ฃ . ์ด ๊ณ์ฐ๊ธฐ๋ ๋ฐ์ ์์ ํผํซํ ์ฌ์ ๋ถ์ ๋ํด ๋ชจ๋ ์์ฝ์ ์๋์ผ๋ก ์ค์ผ์ผ๋งํ๋ฏ๋ก ๋งํ์ ์์ฝ์ด ๋ชจ์๋ ์ผ์ด ์์ต๋๋ค.
์ฌ์ฉ ๋ฐฉ๋ฒ
1ํ ๋ฐ์ ์ฉ๋, ๋ฐ์ ์, ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ ํผํซํ ์ฌ์ ๋ถ(๋ณดํต 5~10%)์ ์ ๋ ฅํ์ธ์. ์์ฝ๋ณ๋ก๋ ์คํก ๋๋์ ๋ฐ์ ๋ด ๋ชฉํ ์ต์ข ๋๋๋ฅผ ์ ๋ ฅํฉ๋๋ค. ๊ทธ๋ฌ๋ฉด ๊ณ์ฐ๊ธฐ๊ฐ ๊ฐ ์์ฝ์ ์ฉ๋, ์ฃผํ(template) ์ฉ๋, ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ ๋ถํผ๋ฅผ ๋ง์ถ๋ nuclease-free water(๋ดํด๋ ์์ ๋ฌด์ฒจ๊ฐ ์ ์ ์) ์๊น์ง ํ ๋ฒ์ ์๋ ค์ค๋๋ค.
๊ณต์ ํ์ด
๊ฐ ์์ฝ ์ฉ๋์ ํฌ์ ๊ด๊ณ์ \(C_1 V_1 = C_2 V_2\)์์ ๋์ต๋๋ค. ๋ง์คํฐ ๋ฏน์ค์ ๊ฒฝ์ฐ ์ ํจ ๋ฐ์ ์ \(n = \text{๋ฐ์ ์} \times \left(1 + \frac{\text{์ฌ์ ๋ถ}}{100}\right)\)์ ๊ณฑํด ์ค๋๋ค:
$$V = \frac{C_{\text{์ต์ข }} \times V_{\text{๋ฐ์}} \times n}{C_{\text{์คํก}}}$$๋จ, ๊ฐ ์ฑ๋ถ์ ์คํก๊ณผ ์ต์ข ๋๋ ๋จ์๋ ๋ฐ๋์ ์๋ก ์ผ์นํด์ผ ํฉ๋๋ค(X๋ X๋ผ๋ฆฌ, mM์ mM๋ผ๋ฆฌ, ยตM์ ยตM๋ผ๋ฆฌ, U/ยตL์ U/ยตL๋ผ๋ฆฌ).
๊ณ์ฐ ์์
25 ยตL ๋ฐ์ 10๊ฐ๋ฅผ ์ฌ์ ๋ถ 10%๋ก ์ค๋นํ๋ค๋ฉด \(n = 10 \times 1.10 = 11\)์ ๋๋ค. 10X ๋ฒํผ๋ฅผ 1X๋ก ๋ง๋ค๋ ค๋ฉด
$$\frac{1 \times 25 \times 11}{10} = 27.5\ \text{ยตL}$$๊ฐ ํ์ํ๊ณ , dNTP๋ฅผ 10 mM์์ 0.2 mM๋ก ๋ง์ถ๋ ค๋ฉด
$$\frac{0.2 \times 25 \times 11}{10} = 5.5\ \text{ยตL}$$๊ฐ ๋ญ๋๋ค. ์ ์ฒด ๋ฏน์ค ์ฉ๋์ \(25 \times 11 = 275\ \text{ยตL}\)์ด๋ฉฐ, ๋ฌผ์ ๋ชจ๋ ์์ฝ๊ณผ ์ฃผํ์ ๋ฃ๊ณ ๋จ์ ๋ถํผ๋ฅผ ์ฑ์๋๋ค.
์์ฃผ ๋ฌป๋ ์ง๋ฌธ
ํผํซํ ์ฌ์ ๋ถ์ ์ ๋ฃ๋์? ํ ๋์ด๋ ํ๋ธ ๋ฒฝ์ ๋ฌป์ด ์ฌ๋ผ์ง๋ ๋ฏธ์ธํ ์์ค์ด ์์ด๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋๋ค. 5~10%๋ฅผ ๋ ์ก์๋๋ฉด ๋ง์ง๋ง ํ๋ธ๊น์ง ์จ์ ํ ๋ฐ์์ก์ด ๋ค์ด๊ฐ๋๋ค.
๋ฌผ ์ฉ๋์ด ์์๋ก ๋์ค๋ฉด ์ด๋ป๊ฒ ํ๋์? ์์ฝ ์ฉ๋์ ํฉ์ด ์ด๋ฏธ ๋ฐ์ ์ฉ๋์ ๋์๋ค๋ ๋ป์ ๋๋ค. ์ต์ข ๋๋๋ฅผ ๋ฎ์ถ๊ฑฐ๋, ์คํก ๋๋๋ฅผ ๋์ด๊ฑฐ๋, ๋ฐ์ ์ฉ๋์ ๋๋ ค ๋ณด์ธ์.
ํน์ ์ฑ๋ถ์ ๋น์ ๋ ์ ์๋์? ํด๋น ์ฑ๋ถ์ ์คํก์ 0์ผ๋ก ์ค์ ํ๋ฉด ์ ์ธ๋ฉ๋๋ค. ๊ทธ ์์ฝ ์ฉ๋์ 0์ด ๋๊ณ ๋ฌผ์ด ๊ทธ๋งํผ์ ๋์ ์ฑ์๋๋ค.