DNA Konsantrasyonu Hesaplama Aracı Nedir?
Bu araç, bir örnekteki çift sarmallı DNA'nın (dsDNA) konsantrasyonunu, 260 nm dalga boyunda ölçülen absorbans değerinden (A260) tahmin eder. Bu ölçüm, NanoDrop gibi bir cihazda veya küvet tabanlı bir UV spektrofotometrede yapılır. Nükleik asitler 260 nm'de UV ışığını güçlü bir şekilde soğurur ve bu soğurma konsantrasyonla doğru orantılıdır. Bu nedenle, moleküler biyoloji laboratuvarlarında DNA miktarını hızlıca belirlemenin standart yöntemi haline gelmiştir.
Nasıl Kullanılır?
Spektrofotometrenizin gösterdiği A260 absorbans değerini girin. Ardından seyreltme faktörünü girin — örneğin örneği ölçümden önce 1:10 oranında seyrelttiyseniz faktör 10'dur; seyreltmeden doğrudan okuduysanız 1 kullanın. İsteğe bağlı olarak, toplam DNA verimini de tahmin etmek için toplam örnek hacmini mikrolitre cinsinden girebilirsiniz. Araç size konsantrasyonu ng/µL cinsinden (ve sayısal olarak buna eşit µg/mL değerini) ve toplam kütleyi verir.
Formülün Açıklaması
Hesaplama şu şekildedir: $$\text{Konsantrasyon (ng/µL)} = A_{260} \times 50 \times \text{Seyreltme Faktörü}$$ Buradaki 50 katsayısı, dsDNA için dönüşüm sabitidir: 1 cm ışık yolu uzunluğuna sahip ve A260 değeri tam olarak 1,0 olan bir örnek, yaklaşık 50 ng/µL çift sarmallı DNA içerir. Tek sarmallı DNA için 33, RNA için ise 40 katsayısı kullanılır; ancak bu araç dsDNA varsayımıyla çalışır. Mikrogram cinsinden toplam verim ise $$Yield_{\mu g} = \frac{C \times V}{1000}$$ formülüyle bulunur.
Örnek Hesaplama
Diyelim ki NanoDrop cihazınız, 1:10 oranında seyreltilmiş ve son hacmi 50 µL olan bir örnekte A260 değerini 0,5 olarak okudu. Konsantrasyon $$0{,}5 \times 50 \times 10 = 250 \text{ ng/µL}$$ Toplam verim $$\frac{250 \times 50}{1000} = 12{,}5 \text{ µg}$$
Sıkça Sorulan Sorular
Neden 50 kullanılıyor? Bu değer, 260 nm dalga boyu ve 1 cm ışık yolu uzunluğunda dsDNA için deneysel olarak belirlenmiş sönüm (ekstinksiyon) faktörüdür.
Örneği seyreltmediysem seyreltme faktörü kaç olmalı? 1 kullanın.
ng/µL ile µg/mL aynı şey mi? Evet — bu iki değer sayısal olarak birbirine eşittir; yani 250 ng/µL, 250 µg/mL'ye karşılık gelir.
