RNA Konsantrasyonu Hesaplama Aracı Nedir?
Bu hesaplayıcı, bir RNA örneğinin konsantrasyonunu, 260 nm dalga boyundaki absorbans değerinden (A260) yola çıkarak tahmin eder. Bu ölçüm, NanoDrop gibi bir UV spektrofotometre ile yapılır. Araç, tek zincirli RNA için kullanılan standart sönümleme katsayısına dayanır; buna göre A260 değeri 1,0 olduğunda RNA konsantrasyonu yaklaşık 40 ng/µL'dir. Hesaplayıcı evrenseldir ve dünyadaki tüm laboratuvarlar için geçerlidir.
Nasıl Kullanılır?
Ölçtüğünüz A260 değerini, okuma öncesinde uygulanan seyreltme faktörünü (örnek seyreltilmeden okunduysa 1 girin) ve isterseniz toplam RNA verimini hesaplamak için örnek hacmini mikrolitre cinsinden girin. Hesaplayıcı, konsantrasyonu ng/µL (µg/mL'ye eşdeğer) olarak ve elde edilen toplam RNA miktarını verir.
Formül Açıklaması
RNA konsantrasyonu (ng/µL) = $$\text{Konsantrasyon} = \text{A260} \times 40 \times \text{seyreltme faktörü}$$ Buradaki 40 katsayısı, 1 cm ışık yolu uzunluğuna sahip bir küvette 260 nm'de tek zincirli RNA için deneysel olarak belirlenmiş sönümleme katsayısıdır. Toplam verim (µg) = $$\text{Toplam verim (}\mu\text{g)} = \frac{\text{konsantrasyon (ng/}\mu\text{L)} \times \text{hacim (}\mu\text{L)}}{1000}$$
Örnek Hesaplama
A260 = 0,25, seyreltme faktörü = 50 ve hacim = 100 µL olsun. Konsantrasyon = $$0{,}25 \times 40 \times 50 = 500 \;\text{ng/}\mu\text{L}$$ Toplam verim = $$\frac{500 \times 100}{1000} = 50 \;\mu\text{g RNA}$$
Sıkça Sorulan Sorular
Neden 50 değil de 40? 50 katsayısı çift zincirli DNA için kullanılır; tek zincirli RNA ışığı biraz farklı emdiğinden, A260 birimi başına kabul edilen sabit 40 ng/µL'dir.
Saflık ne durumda? A260 tek başına yalnızca konsantrasyonu verir; saflığı değerlendirmek için A260/A280 oranını (saf RNA için ~2,0) ve kirlilik açısından A260/A230 oranını kontrol edin.
Işık yolu uzunluğu önemli mi? Katsayı, standart 1 cm'lik bir ışık yolu uzunluğunu varsayar. Modern mikrohacim cihazları, okumaları otomatik olarak 1 cm'ye normalize eder.
