À quoi sert le calculateur de taux de GC
Cet outil calcule le taux de GC de n'importe quelle séquence ADN, c'est-à-dire le pourcentage de bases qui sont soit des guanines (G), soit des cytosines (C). Le taux de GC est une mesure fondamentale en biologie moléculaire : il sert à comparer des génomes, à concevoir des amorces de PCR et à prédire la température de fusion ainsi que la stabilité de l'ADN double brin. Comme les appariements G–C sont reliés par trois liaisons hydrogène (contre deux seulement pour les appariements A–T), les séquences riches en G et en C ont tendance à être plus stables thermiquement.
Comment l'utiliser
- Séquence ADN : collez ou saisissez votre séquence à l'aide des lettres A, T, G et C.
- La saisie ne tient pas compte de la casse : « atgc » et « ATGC » donnent exactement le même résultat.
- Tous les caractères autres que A, T, G ou C (espaces, chiffres, N, sauts de ligne) sont automatiquement supprimés avant le calcul, et le calculateur indique combien de caractères non valides ont été retirés.
Par exemple, en saisissant ATGCATGCATGC, vous obtenez instantanément un pourcentage.
La formule
Le calculateur compte les bases G et C de votre séquence nettoyée, puis divise ce total par le nombre total de bases valides :
$$\text{Taux de GC (\%)} = \frac{N_G + N_C}{N_G + N_A + N_T + N_C} \times 100$$
Il indique également le taux d'AT complémentaire, en appliquant la même logique au nombre de A et de T. En l'absence de base valide, le résultat est tout simplement de 0.
Exemple concret
Prenons la séquence d'exemple ATGCATGCATGC :
- Nombre total de bases = 12
- Nombre de G = 3, nombre de C = 3, soit un total GC de 6
- Taux de GC = \((6 \div 12) \times 100 = 50\,\%\) 50 %
- Total AT = 6, soit un taux d'AT de 50 %
Une séquence équilibrée comme celle-ci présente des taux de GC et d'AT identiques.
Questions fréquentes
Pourquoi le taux de GC est-il important ? Il influe sur la stabilité de l'ADN et sa température de fusion, aide à repérer les régions riches en gènes et intervient dans la conception des amorces afin qu'elles s'hybrident de façon fiable lors d'une PCR.
Que deviennent les caractères non valides ? Les lettres comme N, U, les espaces ou les caractères vides sont supprimés automatiquement. Seuls A, T, G et C sont conservés et comptabilisés : les espaces présents dans une séquence collée ne fausseront donc pas votre résultat.
Accepte-t-il les séquences ARN ? Le calculateur ne reconnaît que les bases de l'ADN (A, T, G, C). L'uracile (U) de l'ARN serait filtré ; convertissez donc d'abord les U en T pour obtenir un résultat fiable.
