Công cụ tính hàm lượng GC

Nhập phép tính

Trình tự DNA: ATGCATGCATGC Enter a valid DNA sequence using only A, T, G, and C characters. The sequence is not case-sensitive.
Example: ATGCATGCATGC

Lưu ý: GC content is the percentage of nitrogenous bases in a DNA sequence that are either guanine (G) or cytosine (C).

Kết quả

Hàm lượng GC

50%

Trình tự DNA đã nhập	ATGCATGCATGC
Trình tự DNA hợp lệ	ATGCATGCATGC
Tổng số base hợp lệ	12
Số base GC	6
Số base AT	6
Hàm lượng AT	50%

■ Hàm lượng GC ■ Hàm lượng AT

Công cụ tính hàm lượng GC làm được gì

Công cụ này tính hàm lượng GC của bất kỳ trình tự DNA nào — tức là tỷ lệ phần trăm các base là guanine (G) hoặc cytosine (C). Hàm lượng GC là một chỉ số nền tảng trong sinh học phân tử, được dùng để so sánh các hệ gen, thiết kế mồi PCR, cũng như dự đoán nhiệt độ nóng chảy và độ ổn định của DNA mạch kép. Vì cặp G–C được liên kết bằng ba liên kết hydro (so với hai liên kết ở cặp A–T), nên những trình tự giàu G và C thường bền nhiệt hơn.

Hàm lượng GC đếm các base guanine (G) và cytosine (C) so với cả bốn loại base.

Cách sử dụng

• Trình tự DNA: Dán hoặc gõ trình tự của bạn bằng các chữ cái A, T, G và C.
• Dữ liệu nhập vào không phân biệt chữ hoa hay chữ thường — "atgc" và "ATGC" cho cùng một kết quả.
• Mọi ký tự không phải A, T, G hay C (khoảng trắng, chữ số, N, ký tự xuống dòng) sẽ tự động bị loại bỏ trước khi tính, và công cụ sẽ báo cho bạn biết đã loại bao nhiêu ký tự không hợp lệ.

Ví dụ, nhập ATGCATGCATGC sẽ cho ngay kết quả phần trăm.

Công thức tính

Công cụ đếm số base G và C trong trình tự đã được làm sạch, rồi chia cho tổng số base hợp lệ:

$$\text{Hàm lượng GC (\%)} = \frac{\text{Số lượng G} + \text{Số lượng C}}{\text{Tổng số base}} \times 100$$

Công cụ cũng tính hàm lượng AT bổ sung theo cùng logic dựa trên số lượng A và T. Nếu không có base hợp lệ nào, kết quả đơn giản là 0.

Quảng cáo

GC% là tỷ lệ của chuỗi được tạo thành từ các base G và C, biểu thị bằng phần trăm.

Ví dụ minh họa

Lấy trình tự ví dụ ATGCATGCATGC:

• Tổng số base = 12
• Số lượng G = 3, số lượng C = 3, nên số base GC = 6
• Hàm lượng GC = \((6 \div 12) \times 100 = \) 50%
• Số base AT = 6, nên hàm lượng AT = 50%

Một trình tự cân bằng như thế này có hàm lượng GC và AT bằng nhau.

Câu hỏi thường gặp

Vì sao hàm lượng GC lại quan trọng? Nó ảnh hưởng đến độ ổn định và nhiệt độ nóng chảy của DNA, giúp xác định các vùng giàu gen, đồng thời được dùng khi thiết kế mồi để chúng bắt cặp ổn định trong phản ứng PCR.

Các ký tự không hợp lệ sẽ ra sao? Những chữ cái như N, U, dấu cách hay khoảng trắng sẽ tự động bị loại bỏ. Chỉ A, T, G và C được giữ lại và đếm, nhờ vậy các khoảng trắng trong trình tự bạn dán vào sẽ không làm sai lệch kết quả.

Công cụ có chấp nhận trình tự RNA không? Công cụ chỉ nhận diện các base DNA (A, T, G, C). Uracil (U) trong RNA sẽ bị lọc bỏ, vì vậy hãy chuyển U thành T trước để có kết quả chính xác.